Clark rescata a Lana y la lleva al Centro Médico de Smallville; con la ayuda de Pete mientras Chloe, rescata a Jonathan. Lionel queda ciego, pero después se recupera. En esta temporada, Clark tratará de conquistar a Lana, ahora que se fue su novio (lamentablemente este muere a la mitad de la temporada en el extranjero); también descubrirá algo sobre su verdadero origen mediante unas cuevas indígenas llamadas Kawatche, y más tarde un científico llamado Virgil Swann (interpretado por Christopher Reeve) le revela que su planeta de nacimiento se llamó Kriptón, que este fue destruido por razones desconocidas, que los meteoritos eran restos de dicho planeta llamados Kriptonita, y que el verdadero nombre de su padre biológico era Jor-El y que su verdadero nombre es Kal-El, cosas que conmocionan a Clark. Pete descubre el secreto de Clark, y se hace su confidente. Chloe se obsesiona con Clark y su secreto, Lex se enamora de una doctora llamada Helen Bryce y se compromete con ella. Al final de la temporada, Clark recibe la llamada de Jor-El, quien le dice que debe abandonar todo para cumplir un propósito. Clark se niega y decide destruir la nave en donde vino, con una explosión atómica. pero las cosas salen mal, sus padres resultan heridos y Clark no se lo puede perdonar, ya que su madre estaba embarazada y pierde el bebe; y Clark decide irse para siempre de Smallville: se pone un anillo de Kriptonita roja (que afecta su personalidad y le quita los escrúpulos), sube a su vieja motocicleta y se va.

La temporada termina con Clark dirigiéndose a Metrópolis en su motocicleta.

Ocurre tres meses después de la segunda temporada. Clark continúa en Metrópolis con el anillo de Kriptonita Roja, cometiendo crímenes y maldades. Jonathan obtiene poderes similares a los de Clark con la ayuda de Jor-El, (pero se lanza a Clark los dos caen de la oficina de Lex, quien le hizo un trato de muchos millones) Jonathan lo devuelve a Smallville, mientras que Lex estuvo exiliado en una isla desierta luego de explotar el jet en su viaje de luna de miel; luego es rescatado. Durante esta temporada, vemos momentos de tensión entre Clark y Lana, ya que ella le considera una persona muy complicada, provocando que su relación acabe. Pete se encuentra en controversia por la responsabilidad de guardar el secreto de su amigo, Chloe se siente presionada por Lionel por no revelarle situaciones inusuales acerca de Clark y Lex debido a su accidente en la isla inicia a tener problemas mentales . Después de cuestiones complicadas, como la aparición de otros afectados por la kriptonita y de un misterioso hombre llamado Adam Knight, Lana, cansada de los secretos de Clark, decide irse a París, Francia. Pete se va de Smallville para proteger el secreto de su amigo. Lex y Chloe investigan sobre un crimen que Lionel cometió en el pasado. Y Jor-El presiona a Jonathan para que deje ir a Clark a cumplir su destino, llevando a un final inesperado en donde ciertas personas caen víctimas de las terribles circunstancias: Lex es envenenado, Chloe aparentemente muere en una explosión, Lionel podría ir preso, Jonathan cae inconsciente en las Cuevas Kawatche y Martha ve un extraño símbolo kriptoniano en llamas...

La temporada termina con Clark desnudo en forma fetal desapareciendo en una nebulosa de otra dimensión.

Lois Lane llega a Smallville para investigar quién es el responsable de la muerte de su prima Chloe y encuentra a Clark con amnesia y desnudo en el campo luego de que un rayo los impactara. Clark está a punto de iniciar una "cruzada" bajo el control de Jor-El, pero Martha frustra sus planes y Jonathan despierta del coma. Lois y Clark descubren que Chloe está viva y la rescatan. Esta temporada trata principalmente sobre la búsqueda de las misteriosas Tres Piedras de Poder, el regreso de Lana después de un suceso en París, y con un nuevo novio, Jason Teague y Clark pasando por su último año en preparatoria. Debido al crimen de matar a sus padres, Lionel acaba preso, pero luego es liberado por Genevieve Teague, la ambiciosa madre de Jason; Lex continua en disyuntiva sobre su verdadera personalidad. Muchos sucesos irónicos ocurren como la tensión entre Clark y Lana, ella misma descubre que es descendiente de una malvada hechicera francesa; Chloe descubre el secreto de Clark sin que él lo sepa, y algunos secretos sobre las deseadas Tres Piedras. Esta temporada lleva a una culminación terrible: una segunda lluvia de meteoritos en Smallville. Clark consigue reunir dichas piedras y es trasladado al Ártico, Lex empieza a dudar de Clark y presiona a Chloe a que le diga la verdad, Jason pone a descubierto su verdadera naturaleza y secuestra a Jonathan y a Martha, y Lana huye en un helicóptero de los meteoros, pero tiene un accidente, y al caer, descubre lo que parece una nave espacial que se abre.

La temporada termina con Clark lanzando a los aires el Cristal y viendo su trayectoria por los cielos.

Gracias a la unión de las Tres Piedras, se forma la Fortaleza de la Soledad, donde Clark debe ser entrenado, pero decide rechazar a su padre. Clark inicia a vivir una vida adulta, yendo a la universidad; además descubre que Chloe conoce su secreto y la convierte en su confidente. Lana conoce a dos kriptonianos cuyo propósito es destruir, y Lex empieza a cambiar de personalidad; al descubrir la nave que le describió Lana, hace algunos experimentos con ella, sin saber que emerge un misterioso ser kryptoniano llamado Milton Fine, cuya meta es relacionarse con Clark para liberar a un peligroso villano llamado Zod. También en esta temporada, Clark y Lana se hacen novios otra vez, pero luego terminan bruscamente porque Clark no es muy sincero con ella para protegerla, ya que le costó la vida a su padre Jonathan.

También en esta temporada aparecen algunos súper héroes como Arthur Curry "Aquaman", Victor Stone "Cyborg" y Andrea Rojas "Acrata" y el clásico villano "Brainiac".

Lionel se convierte en el receptor de Jor-El, y al final conoce el secreto de Clark. Las cosas se complican cuando Milton Fine cambia de plan, y utiliza a Lex para ser el "contenedor" de Zod. Jor-El le pide a Clark que mate a dicho "contenedor", pero desobedece. Martha y Lois corren peligro. Lana, decepcionada de Clark, está dispuesta a apoyar a Lex pase lo que pase. Chloe y Lionel son asaltados.

La temporada termina con Clark atrapado en la Zona Fantasma alejándose en el espacio infinito.

En esta temporada la mitología de superman se desarrolla hacia lo más profundo y poderoso que además, incluye la llegada de la prima de Clark, Kara/Supergirl. "Intenta pasar desapercibido y agiliza tus poderes", le dice a Clark. Kara tiene las ideas algo diferentes. Además: Lana Lang quizá prefiera a Bizarro antes que al verdadero Clark. Lois Lane dará un salto en su carrera profesional. Chloe Sullivan se da cuenta de que su idea de compaginar un poder meteórico con una vida normal no es tan sencillo como esperaba. El maléfico poder de Lex Luthor tiene una nueva víctima que acechar Kara. Nuevos personajes y más aún, nuevas complicaciones. Nuevos secretos y traiciones.

La temporada comienza con la existencia de dos Clark Kent. Uno es aquel cuya vida, en principio es resumida a una pequeña ciudad de Kansas y que se va adentrando en el camino a su destino. El otro es BIZARRO quien comparte el ADN con Clark pero quien no le guian los mismos valores. Sólo uno de los dos puede sobrevivir.

La temporada termina con Clark Kent y Lex Luthor enfrentándose por última vez en la Fortaleza de la Soledad, siendo ésta destruida por Lex. Los escombros de la fortaleza caen sobre ambos.

En esta temporada la mitología de Superman se desarrolla hacia lo más profundo y poderoso que además, incluye la llegada de la prima de Clark, Kara/Supergirl. "Intenta pasar desapercibido y agiliza tus poderes", le dice a Clark. Kara tiene las ideas algo diferentes. Además: Lana Lang quizá prefiera a Bizarro antes que al verdadero Clark. Lois Lane dará un salto en su carrera profesional. Chloe Sullivan se da cuenta de que su idea de compaginar un poder meteórico con una vida normal no es tan sencillo como esperaba. El maléfico poder de Lex Luthor tiene una nueva víctima que acechar Kara. Nuevos personajes y más aún, nuevas complicaciones. Nuevos secretos y traiciones.

La temporada comienza con la existencia de dos Clark Kent. Uno es aquel cuya vida, en principio es resumida a una pequeña ciudad de Kansas y que se va adentrando en el camino a su destino. El otro es BIZARRO quien comparte el ADN con Clark pero quien no le guian los mismos valores. Sólo uno de los dos puede sobrevivir.

La temporada termina con Clark Kent y Lex Luthor enfrentándose por última vez en la Fortaleza de la Soledad, siendo ésta destruida por Lex. Los escombros de la fortaleza caen sobre ambos.

Empieza aproximadamente un mes después del final de la séptima temporada. Los justicieros Flecha Verde, Aquaman y Canario Negro van al rescate de Clark en el Círculo Polar Ártico, mientras se enfrentan a Tess Mercer, la nueva sustituta del desaparecido Lex, quien también tiene deseos de encontrarlo. Durante esta emocionante temporada veremos a Clark ya trabajando en el "Daily Planet" junto con su nueva compañera Lois Lane, estando así atento a la acción. También vemos un lado de Chloe que nunca se ha visto antes, ya que debido a la infección que Brainiac le impuso, adquirió poderes increíbles. Mientras Clark está a punto de abrazar su destino, conocemos a muchos personajes intrigantes: Bette Sans Souci, futura villana con una personalidad explosiva; Máxima, una reina intergaláctica increíblemente hermosa que despierta pasiones en todo el que se le acerca, incluso en Clark; y también a Davis Bloome, el futuro Doomsday, conocido por la Saga del Comic: La Muerte de Superman, en la serie es un paramédico que oculta un oscuro secreto que desconoce totalmente y que va descubriendo al paso de los episodios. Una temporada que superó los límites de las anteriores, ya que otra vez cambia radicalmente de concepto, llenando de intrigas a los fans de Smallville.